Jōnin aus Konohagakre.
Jōnin (上 忍, "Hoher Ninja") sind in der Regel sehr erfahrene und hoch qualifizierte Shinobi, die als militärische Kommmandanten dienen. Jōnin können im Allgemeinen mindestens zwei Arten von elementarem Chakra verwenden. Es ist nicht ungewöhnlich für Jōnin, alleine auf Mission zu gehen. Sie werden oft auf A-Rang-Missionen geschickt und, wenn sie genug Erfahrung haben, auch auf S-Rang-Missionen (die als die größte Schwierigkeit angesehen werden).
Um ein Jōnin zu werden, kann man empfohlen werden. Wenn genug Dorfbewohner und die jeweiligen Kage die Shinobi für angemessen halten, werden sie befördert. Wenn ein Ninja ein Jōnin wird, kann er beauftragt werden, ein Drei-Mann-Genin-Team zu beaufsichtigen. Ihre Aufgabe wird es sein, sie anzuleiten und zu trainieren, ein kompetenter Ninja zu werden. Sie können auch entscheiden, wann die Genin bereit sind, an den Chūnin-Auswahlprüfungen teilzunehmen.
In Konohagakure ist es Sache des Jōnin zu entscheiden, ob ein Kandidat auf das Amt des Hokage die Position dauerhaft erhalten würde. Sie haben auch einen speziellen Rang, der als Jōnin Commander bekannt ist. Shinobi, die nur auf einem speziellen Gebiet Fähigkeiten auf Jōnin-Niveau haben, werden als Tokubetsu Jōnin klassifiziert.
Bekannte Jōnin
| An Kurai | Aotsuchi | Arashi Niji | Ashi Shirō | Botan |
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 Amegakure
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 Iwagakure
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 Kumogakure
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 Konohagakure
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Iwagakure
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| Flash G | Futoi | Gatai | Gisei | Hitomi Niji |
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| Kumogakure
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Kumogakure
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Kumogakure
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Kumogakure
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Kumogakure
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| Isamu Uchiha | Kaori | Kodate Shirō | Kōga Nishima | Kusamura |
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| Konohagakure
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Kumogakure
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Konohagakure
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Konohagakure
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 Kusagakure
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| Manabu | Masamune | Masao Tetsurin | Masu Niji | Mogura |
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| Kumogakure
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Iwagakure
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Kumogakure
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Kumogakure
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Iwagakure
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| Nakamura | Nanashi | Natsuki Hoshikuzu | Natsui | Osamu Sunayama |
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 Takigakure
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Iwagakure
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Konohagakure
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Kumogakure
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 Sunagakure
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| Ren | Risai | Ryū Uchiha | Sajinbara | Sakkaku Shirō |
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| Kumogakure
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Kumogakure
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Konohagakure
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Sunagakure
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Konohagakure
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| Shiba Inuzuka | Sōsuke Nara | Taizan | Tarashi Onna | Tsubasa Shirō |
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| Konohagakure
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Konohagakure
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Iwagakure
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Kumogakure
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Konohagakure
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| Tsuyoi | Tsuyu Niji | Yoshio Uchiha | Yutaka | Yuzui |
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| Kumogakure
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Kumogakure
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Konohagakure
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Iwagakure
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Kumogakure
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| Zurui | ||||
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| Kumogakure
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